urodził się 6 czerwca 1929 roku we Lwowie; jego ojciec był urzędnikiem państwowym, matka prowadziła dom, ale jeszcze pradziadek był dyrygentem, w rodzinie pielęgnowano zatem kultura muzyczna. Wakacje 1939 roku Bogusław spędzał na dziecięcej kolonii, z której trafił na zesłanie w głąb Rosji Sowieckiej, w okolice Semipałatyńska (dzisiaj Semej w Kazachstanie), gdzie przebywał do zakończenia wojny. Najwyraźniej był to dla chłopca okres traumatycznych przeżyć, bo pisarz mówi o tamtych czasach niechętnie. Po zakończeniu wojny podejmuje długą samotną podróż przez Bałkany do Polski; ostatecznie udaje mu się odnaleźć rodziców i razem z nimi osiedla się w Opolu. Tutaj w roku 1946 rozpoczyna naukę w liceum matematyczno-fizycznym, równocześnie ucząc się gry na skrzypcach i na fortepianie; samodzielnie poznaje też teatr i literaturę, tworzy pierwsze kompozycje.
Po maturze zostaje przyjęty, na podstawie swoich młodzieńczych utworów muzycznych, do klasy kompozycji prowadzonej przez wybitnego kompozytora Artura Malawskiego w krakowskiej Akademii Muzycznej, co z kolei pozwoli mu później studiować równolegle muzykologię na Uniwersytecie Jagiellońskim u profesora Zdzisława Jachimeckiego, jak również uczęszczać na zajęcia z filozofii. Nieprzerwanie kontynuuje karierę akademicką, w 1970 roku doktoryzuje się na Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Warszawskiego, a w 1989 roku uzyskuje profesurę. W latach 1954–1958 wykłada teorię muzyki na Uniwersytecie Jagiellońskim, a w latach 1963–1998 kompozycję na krakowskiej Akademii Muzycznej, z przerwami na gościnne wykłady za granicą, m.in. w Middelburgu i Utrechcie (Holandia), Yorku (Wielka Brytania), Karlsruhe i Schwarzu (Niemcy) oraz na sławnych kursach kompozytorskich w Darmstadt. W roku 1986 zostaje profesorem Mozarteum w Salzburgu, gdzie spędzi 16 lat, i w końcu wybierze to miasto na miejsce stałych pobytów na zmianę z krakowską Nową Hutą. W roku 1955 Schaeffer żeni się z Mieczysławą Hanuszewską (1925–2009), autorką recenzji i felietonów muzycznych oraz książek z historii muzyki, współautorką dwóch jego publikacji; wkrótce przychodzi na świat ich syn Piotr Mikołaj.
Od roku 1953 artysta pracuje jako redaktor w Państwowym Wydawnictwie Muzycznym, w 1957 roku zostaje zastępcą redaktora naczelnego „Ruchu Muzycznego”, a w latach 1967–1974 pełni obowiązki redaktora naczelnego periodyku „Forum Musicum”. Jest autorem kilkunastu książek i ponad 800 artykułów obejmujących historię i estetykę muzyki XX w., a także ogólne zagadnienia dotyczące psychologii i pedagogiki twórczości, estetyki i filozofii kultury; do najważniejszych publikacji należą:
Almanach polskich kompozytorów współczesnych, , Kraków: PWM, 1966/1982,
Kompozytorzy XX wieku, , Kraków: WL, 1990,
Leksykon kompozytorów XX wieku, , Kraków:  PWM t. 1 – 1963, t. 2 – 1965,
Mały informator muzyki XX wieku, , Kraków: PWM, 1958/1975,
Nowa muzyka. Problemy współczesnej techniki kompozytorskiej, , Kraków: PWM, 1958/1969,
Wstęp do kompozycji / Introduction to Composition, wyd. pol.-ang., Kraków: PWM 1976.
W latach 1952–1953 kompozytor podjął pracę w krakowskiej rozgłośni Polskiego Radia, a w roku 1965 doszło do stałej i niezwykle owocnej współpracy ze słynnym Studiem Eksperymentalnym Polskiego Radia. Zrealizował tam ścieżki dźwiękowe do kilku filmów dokumentalnych portretujących artystów, m.in. Władysława Strzemińskiego, Magdalenę Abakanowicz, skomponował również muzykę do filmu Pomnik, upamiętniającego odsłonięcie monumentu ku czci ofiar obozu w  Auschwitz-Birkenau oraz sławnego dokumentu Andrzeja Trzosa-Rastawieckiego Pielgrzym o pierwszej wizycie Jana Pawła II w Polsce w  1979 roku W tamtym czasie powstaje też wybitna kompozycja już na poły dramatyczna Monodram na taśmę (1968), ponad godzinna opera radiowa. Przede wszystkim jednak SEPR pozwala wciąż młodemu twórcy spenetrować zupełnie nowe rejony wrażliwości muzycznej i stać się pionierem muzyki elektronicznej na skalę przekraczającą granice Polski. W latach późniejszych powstają tu m.in. tak wybitne dzieła, jak Msza elektroniczna czy Assemblages.
Od początku lat  sześćdziesiątych awangardowy kompozytor współpracował z plastykami, głównie z Tadeuszem Kantorem i Kazimierzem Mikulskim. Do jego przyjaciół z tamtego okresu zaliczali się m.in. Jonasz Stern, Zygmunt Wachowicz, Adam Marczyński czy Józef Szajna oraz cała ówczesna grupa artystów gromadzących się w lokalu krakowskiego Związku Plastyków przy ul. Łobzowskiej, gdzie w połowie lat  pięćdziesiątych swoje pierwsze spektakle wystawiał teatr Cricot 2. Zainteresowania teatrem zaowocowały muzyką tworzoną do spektakli wybitnych reżyserów teatralnych: Józefa Szajny, Jerzego Jarockiego, Bohdana Cybulskiego. W szczególności muzykę do sławnej Repliki Szajny (w wersji teatralnej i telewizyjnej) wielu krytyków uznało za integralną, a zarazem równorzędną artystycznie, część tego wybitnego przedstawienia. W roku 1964 kompozytor wstąpił do Grupy Krakowskiej, a później przez kilka lat był jej wiceprezesem. W tym właśnie środowisku, równolegle do działań plastyczno-teatralnych Tadeusza Kantora, komponował i wykonywał Schaeffer swoje dzieła, m.in. pierwszy w Polsce happening Non-Stop na fortepian z 1960 roku, wcześniej zaś, bo już w roku 1955, powstaje pierwszy dramat Webern. Te eksperymenty doprowadzą w przyszłości do współpracy z założoną przez Adama Kaczyńskiego grupą MW2 (Młodzi Wykonawcy Muzyki Współczesnej), wyjątkowym kolektywem muzyków i aktorów. To właśnie dla MW2 kompozytor stworzy pierwszy w Polsce (1963) utwór, reprezentujący gatunek teatru instrumentalnego zatytułowany TIS MW2. Na przełomie lat  siedemdziesiątych i osiemdziesiątych za sprawą aktorów: Jana Peszka, Jana Frycza oraz Mikołaja i Andrzeja Grabowskich dojdzie do premiery sławnego Kwartetu dla czterech aktorów. Od czasu do czasu dramatopisarz również samodzielnie reżyseruje spektakle na podstawie swoich tekstów, a w 1994 roku tworzy widowisko telewizyjne, będące w założeniu przykładem jego „teatru instrumentalnego”, zatytułowane Spektakl dla siedmiu wykonawców.
Schaeffer to twórca nie tyle multimedialny, co „esencjalny”, artysta konsekwentnie dążący do odnalezienia przestrzeni wspólnej dla wszystkich rodzajów twórczej aktywności. Przykładem tego rodzaju kreacji muzyczno-wizualnej jest choćby „muzyka ponadparametrowa”, w której materia dźwiękowa kompozycji powstaje w wyniku zaprojektowanych działań performerów oraz „muzyka dla aktorów”, komponowana z wykorzystaniem ruchu i słowa. Mniej znanym, choć nie mniej ciekawym terytorium aktywności twórczej artysty są dzieła plastyczne, do których zaliczyć należy również oryginalne zapisy partytur muzycznych oraz tzw. muzykę graficzną, sytuującą się na granicy dzieła plastycznego i muzycznego. Grafiki i kolaże kompozytora wystawiane były w galeriach głównie za granicą; w Polsce zaś w roku 2007 ukazał się album jego prac plastycznych z posłowiem prezentującym sylwetkę twórcy pióra Jadwigi Hodor, monografistki kompozytorskiego dorobku autora.
Bogusław Schaeffer to jednak przede wszystkim kompozytor i teoretyk muzyki. Do dzisiaj katalog jego kompozycji liczy około 600 pozycji, a ich autor wciąż pozostaje twórczy. W powszechnej opinii znawców muzyka tego artysty charakteryzuje się niezwykłą innowacyjnością; kompozytor niemal programowo unika jednolitości stylistycznej, z każdym nowym dziełem stara się odnajdywać nieodkryte możliwości muzycznego uniwersum. Na gruncie polskim jest to działalność prekursorska, w przypadku Schaeffera określenie „pierwszy” odnosi się do takich gatunków jak m.in. happening, collage, muzyka elektroniczna, utwory dla aktorów, muzyka graficzna, muzyka ponadparametrowa czy muzyka utopijna. Również na arenie międzynarodowej pozycja polskiego kompozytora w latach  sześćdziesiątych–dziewięćdziesiątych była postrzegana jako odrębna, a jego utwory cieszyły się uznaniem elitarnego grona znawców. W latach  osiemdziesiątych i dziewięćdziesiątych pojawiły się też liczne przekłady i realizacje sceniczne jego dramatów, głównie w krajach niemieckojęzycznych i w Ameryce.
Bogusław Schaeffer doczekał się podsumowującej jego dzieło konferencji teatrologiczno-muzykologicznej, zorganizowanej na Uniwersytecie Jagiellońskim w  1999 roku, a od sześciu lat organizowany jest w Warszawie doroczny festiwal jego twórczości pod nazwą „Era Schaeffera”. Artyście poświęcono filmy biograficzne:
Solo, 2008 (scen. i reż. Maciej Pisarek),
Prywatny scenariusz Bogusława Schaeffera, 2007 (scen. i reż. Malina Malinowska-Wollen),
Schaeffer 1997 (scen. i reż. Maria Wiśnicka),
Bogusław Schaeffer poza schematem,  1984 (scen. i reż. Małgorzata Potocka)
oraz monografie książkowe w języku niemieckim i angielskim. Po polsku zaś pozycje dotyczące dramatopisarstwa i teatru Schaeffera to min.:
Joanna Zając, Dramaturgia Schaeffera, Salzburg: Collsch Edition, 1988,
Joanna Zając, Muzyka, teatr i filozofia Bogusława Schaeffera. Trzy rozmowy, Salzburg: Collsch Edition,  1992,
Bogusław Schaeffer kompozytor i dramatopisarz, red. M. Sugiera, J. Zając, Kraków: Księgarnia Akademicka, 1999,
Ludomira Stawowy, Joanna Zając, Bogusław Schaeffer, Salzburg: Collsch Edition, 2002,
Marta Karasińska, Bogusława Schaeffera filozofia nowego teatru, Poznań: Wydawnictwo UAM, 2002.
Ponadto znaczące rozdziały w książkach:
Anna Krajewska, Dramat i teatr absurdu w Polsce, Poznań: Wydawnictwo UAM, 1996,
Ewa Wąchocka, Autor i dramat, Katowice: Wydawnictwo UŚ, 1999,
Krystyna Ruta-Rutkowska, Polska tradycja metadramatu, Warszawa: Wydział Polonistyki UW, 2012.

[na podstawie dostępnych materiałów oraz konsultacji dr Jadwigi Hodor opracował Artur Grabowski]