urodził się 11 września 1932 roku w Nowej Wilejce (dziś dzielnica Wilna). Pochodził z dużej rodziny, która osiadła na Wileńszczyźnie po rewolucji październikowej. Jego ojciec, Jerzy, był z wykształcenia inżynierem kolejowym o korzeniach litewsko-szwajcarskich; matka, Irena Bolińska, pochodziła z ubogiej rodziny z Jekaterynosławia (późniejszy Dniepropietrowsk, obecnie Dniepr). Został ochrzczony w obrządku prawosławnym, a kilka lat później ochrzczony ponownie w obrządku katolickim. Rok przed wybuchem wojny wyjechał z matką do rodziny do Łomży. Jak można wywnioskować ze wspomnień artysty, matka rozstała się z jego ojcem i związała się z nowym partnerem, Józefem Siawciłło. Ich status materialny od tego momentu był coraz gorszy, przez co mały Afanasjew wielokrotnie żył na granicy nędzy. Okres okupacji spędził w większości w Warszawie.
21 lipca 1940 roku dowiedział się o śmierci swojego ojca. Niedługo potem u matki zdiagnozowano nowotwór mózgu. Skierowana do szpitala, została tam bestialsko zamordowana przez własowców, o czym Jerzy Afanasjew dowiedział się później z relacji świadka. Miał trzynaście lat, kiedy skończyła się wojna i kiedy został praktycznie bez żadnej bliskiej rodziny. Wsparcia szukał u dalszych krewnych, m.in. w Płocku. W 1947 roku przeniósł się do Białegostoku, do ojczyma Józefa. Uczęszczał do gimnazjum oraz zaangażował się w działalność harcerską. W domu ojczyma czuł się jednak nieswojo i obco, miał też problemy z nauką. Skorzystał wówczas z możliwości przeniesienia się do Szwajcarii, do wuja Koki Bulajewa, którego bardzo ciepło wspominał z wczesnego dzieciństwa. Dzięki staraniom wuja w wieku 16 lat odbył praktyki w pracowni architektonicznej, coraz bardziej jednak tęsknił do Polski. Wrócił do Płocka przez Wiedeń i Warszawę. Następnie udał się do Białegostoku, gdzie rozpoczął naukę w technikum budowlanym. W szkole tej stawiał pierwsze kroki w działalności artystycznej. W roku 1953 został przyjęty na Politechnikę Gdańską na kierunek budownictwo lądowe.
Od początku studiów dał się poznać jako aktywny działacz studencki. Spotkał wówczas studentów Państwowej Wyższej Szkoły Sztuk Plastycznych, m.in. Jacka Fedorowicza i Wowa Bielickiego. Za ich pośrednictwem nawiązał przyjaźń ze Zbigniewem Cybulskim i Bogumiłem Kobielą, którzy zaprosili go do współtworzenia Bim-Bomu, jednego z najważniejszych teatrów studenckich tego okresu.
W roku 1955 Afanasjew debiutował jako pisarz na łamach „Po Prostu”. Zaczął zdobywać też pierwsze nagrody za opowiadania. W 1958 roku Roman Polański nakręcił etiudę dyplomową Dwaj ludzie z szafą, która powstała według scenariusza Afanasjewa Szafa, o czym nie wspomniano w czołówce filmu (było to przedmiotem sporu między oboma artystami w ZAiKS). W 1959 Afanasjew został przyjęty do Związku Literatów Polskich i w tym samym roku opublikował pierwszą książkę z opowiadaniami i wierszami pt. Księżycowy pierścień.
W roku 1957 wziął ślub z Aliną Ronczewską (wówczas studentką gdańskiej PWSSP, malarką i scenografką, która pracowała m.in. w Teatrze Muzycznym w Gdyni i Teatrze Telewizji). Wraz z żoną w 1958 roku rozpoczął pracę nad autorską inicjatywą teatralną Cyrk Rodziny Afanasjeff, przygotowując pierwszy program Tralabomba. Odniósł on spory sukces, przyczyniając się do wzrostu popularności Afanasjewa, umocnionej dzięki pisanym przez niego od połowy lat pięćdziesiątych purnonsensowym listom do „Przekroju”, znanym jako Poczta od Afanasjewa. Od 1960 roku całkowicie poświęcił się pisaniu i pracy nad Cyrkiem Rodziny Afanasjeff, który był jego najważniejszym przedsięwzięciem artystycznym. Na początku lat sześćdziesiątych zainteresował się także twórczością filmową, wyreżyserował autorski film Białe zwierzęta (1960), a w 1963 rozpoczął studia reżyserskie w Państwowej Wyższej Szkole Teatralnej i Filmowej w Łodzi.
W 1964 roku w gdańskim klubie Żak Teatr Rozmów wystawił jego komedię Olaf Grubasow w reżyserii Ryszarda Ronczewskiego. Sam Afanasjew wyreżyserował w łódzkim Teatrze Nowym Indyka Sławomira Mrożka (1964). W ramach studiów filmowych pracował nad filmem Ludzie i die Menschen (1964), traktującym o Zagładzie, ale nie został mu on zaliczony, co sprawiło, że musiał powtarzać rok. Ostatecznie jego filmem absolutoryjnym był Cichy alarm (1965). W 1967 roku rozpoczął pracę jako drugi reżyser przy wieloodcinkowej produkcji Przygody Marka Piegusa Jerzego Kawalerowicza i Mieczysława Waśkowskiego. W tym też roku napisał trzyaktową farsę Łóżko (premiera w Teatrze Wybrzeże w 1967 w reżyserii Zbigniewa Bogdańskiego), a następnie Pryp straszny, a jednak poeta (premiera odbyła się dopiero w 1985 roku w Teatrze Muzycznym w Gdyni pod tytułem Kabaret literacki Afanasjewa w reżyserii autora i ze scenografią autorstwa jego żony). W 1968 wydał książkę Sezon kolorowych chmur, nad którą pracował od sześciu lat. Przypomniał w niej gdańskie teatrzyki studenckie działające w klubie Żak: Bim-Bom, Co-To i Cyrk Rodziny Afanasjeff, zebrał także scenariusze przedstawień, osobiste wspomnienia z pracy i o spotkanych w Żaku ludziach, bogatą dokumentację w postaci zdjęć, szkiców i projektów oraz wycinki z recenzji.
W 1970 roku premierę miał pierwszy pełnometrażowy film Afanasjewa Prom. Rok później ukazała się jego bodaj najpopularniejsza powieść Mam w nosie lorda, proszę pana. Niespodziewanie w 1972 otrzymał etat głównego reżysera gdańskiej telewizji – przeszkadzała mu jednak bezosobowa atmosfera pracy i intrygi w zespole. W 1973 roku wznowił pisanie do „Przekroju”. Tym razem była to Poczta do Afanasjewa, którą podpisywał jako Lord Paradox. Wyreżyserował spektakl telewizyjny Jenny Erskine’a Caldwella, uznany w 1974 roku przez władze łódzkiej szkoły filmowej za film dyplomowy. W tym też roku wydał tom opowiadań Szklarz wieczności.
W roku 1982 został zwolniony ze stanowiska reżysera w Teatrze Telewizji. Nastąpiło to po długotrwałym konflikcie z Janem Pawłem Gawlikiem, dyrektorem Teatru Telewizji w latach 1977–1982, a bezpośrednią przyczyną zwolnienia było złożenie legitymacji partyjnych przez małżeństwo Afanasjewów 16 grudnia 1981 roku w akcie sprzeciwu wobec wprowadzenia stanu wojennego. Przez kilka miesięcy 1982 roku zarabiał na życie jako główny specjalista do spraw artystycznych w Bałtyckiej Agencji Imprez Artystycznych, ale w lipcu otrzymał polecenie, żeby złożyć wymówienie. Ze względu na stan zdrowia przeszedł na rentę. Wyreżyserował jeszcze spektakle: Pan Damazy w Teatrze Wybrzeże (1983), Disco Story (1983) i Kabaret literacki Afanasjewa (1985) w Teatrze Muzycznym w Gdyni. W sumie był reżyserem 24 spektakli Teatru Telewizji, wydał ponad 21 książek, w tym 5 tomików poezji, 11 książek prozatorskich, 2 wspomnieniowe i dokumentacyjne i kilka satyrycznych.
Zmarł 26 września 1991 roku w Gdańsku. Został pochowany na cmentarzu katolickim w Sopocie.

[opracował Tomasz Kaczorowski na podstawie badań własnych oraz artykułu biograficznego na internetowej platformie Encyklopedii Polskiego Teatru]